Human FAMSBASE, protein structural model database, with high frequency update

Mitsuo Iwadate

20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress Abstracts   4P-B-082   2006.6

RIEKN FAMSBASE

日本分子生物学会2006フォーラム 分子生物学の未来 要旨集   216   2006

Template based and free modeling in CASP7

第7回GSICシンポジウム CASP7:タンパク質立体構造予測法の最先端技巧   P.5   2006

FAMS-ACE: Model selection from server results using original threading (3D1D) program and consensus

CASP7 Abstracts   41 - 42   2006

Human FAMSBASE, protein structural model database, with high frequency update

20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress Abstracts   4P-B-082   2006

Homology Modeling in CASP6 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) Using CHIMERA and FAMS

Mayuko Takeda-Shitaka

Genome Informatics Poster Abstracts   138 - 139   2005.12

High Quality Protein Structure Prediction Server, SKE-FAMSD

Kazuhiko Kanou

Genome Informatics Poster Abstracts   133 - 134   2005.12

FAMSBASE of Human, Rat and Mouse Genomes with Model Quality Estimation

Mitsuo Iwadate

Genome Informatics Poster Abstracts   18 - 19   2005.12

Protein-protein interaction sites predictionand protein-protein docking by the methods of MD, grid scoring and the pair-wise interaction potential in CAPRI Rounds 3-5

Genki Terashi

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   p.85   2005.8

Fully automated protein structure predictions at CASP6 using homology-modeling server SKE-FAMSD

Kazuhiko KANOU

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   p.89   2005.8

FAMS Complex: A fully automated homology modeling system for protein comlex structures

Mayuko TAKEDA-SHITAKA

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   p.88   2005.8

Protein Structure Prediction in the 6th round of Critical Assessment of Technique for Protein Structure Prediction (CASP6) unig CHIMERA and FAMS

Mayuko TAKEDA-SHITAKA

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   p.86   2005.8

Homology Modeling in CASP6 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) Using CHIMERA and FAMS

Genome Informatics Poster Abstracts   138 - 139   2005

Protein Structure Prediction in the 6th round of Critical Assessment of Technique for Protein Structure Prediction (CASP6) unig CHIMERA and FAMS

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   86   2005

Protein-protein interaction sites predictionand protein-protein docking by the methods of MD, grid scoring and the pair-wise interaction potential in CAPRI Rounds 3-5

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   85   2005

Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS

M Takeda-Shitaka, G Terashi, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS   61   122 - 127   2005

High Quality Protein Structure Prediction Server, SKE-FAMSD

Genome Informatics Poster Abstracts   133 - 134   2005

FAMSBASE of Human, Rat and Mouse Genomes with Model Quality Estimation

Genome Informatics Poster Abstracts   18 - 19   2005

Fully automated protein structure predictions at CASP6 using homology-modeling server SKE-FAMSD

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   89   2005

FAMS Complex: A fully automated homology modeling system for protein comlex structures

25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS   88   2005

Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS

M Takeda-Shitaka, G Terashi, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS   61 ( Suppl 7 )   122 - 127   2005

Searching protein-protein interaction sites and protein-protein doching with methods of molecular dynamics and grid scoring.

Hideaki Umeyama

2nd CAPRI Evaluating Meeting PRELIMINARY PROGRAM   p.30   2004.12

FAMSBASE: Modeling Database of 277 Genomes

Mitsuo Iwadate

Genome Informatics Poster Abstracts   159 - 160   2004.12

AUTOMATIC EXTRACTIOPN AND COMPARATIVE PROTEIN MODELING OF ADP/ATP CARRIER PROTEINS AND CA CARRIER/TRANSPORTER PROTEINS FROM ALL THE BIOLOGICAL SPECIES BY FAMS-LIGAND PROGRAM

Mayuko Takeda-Shitaka

International Symposium on Calcium in HEALTH and DISEASE BOOK OF ABSTRACTS   2 ( 1 )   69 - 69   2004.7

Normal mode dynamics of the hel-hyhel-10 complex: antigen and antibody interaction is controlled by the constant domains

H. Umeyama, M. Takeda-Shitaka, M. Iwadate, M. Adachi

29th FEBS Congress   271 ( 1 )   p.92   2004.7

Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design.

Takeda-Shitaka

Chem Pharm Bull (Tokyo)   52 ( 5 )   643 - 5   2004.5

Molecular characterization of ADAMTS13 gene mutations in Japanese patients with Upshaw-Schulman syndrome

M Matsumoto, K Kokame, K Soejima, M Miura, S Hayashi, Y Fujii, A Iwai, E Ito, Y Tsuji, M Takeda-Shitaka, M Iwadate, H Umeyama, H Yagi, H Ishizashi, F Banno, T Nakagaki, T Miyata, Y Fujimura

BLOOD   103 ( 4 )   1305 - 1310   2004.2

FAMS and FAMSBASE for protein structure.

Umeyama H, Iwadate M

Curr Protoc Bioinformatics   Chapter 5 ( Unit5.2 )   2004.2

Searching protein-protein interaction sites and protein-protein doching with methods of molecular dynamics and grid scoring.

2nd CAPRI Evaluating Meeting PRELIMINARY PROGRAM   30   2004

Normal mode dynamics of the hel-hyhel-10 complex: antigen and antibody interaction is controlled by the constant domains

29th FEBS Congress   271 ( 1 )   92   2004

AUTOMATIC EXTRACTIOPN AND COMPARATIVE PROTEIN MODELING OF ADP/ATP CARRIER PROTEINS AND CA CARRIER/TRANSPORTER PROTEINS FROM ALL THE BIOLOGICAL SPECIES BY FAMS-LIGAND PROGRAM

International Symposium on Calcium in HEALTH and DISEASE BOOK OF ABSTRACTS   2 ( 1 )   69 - 69   2004

FAMSBASE: Modeling Database of 277 Genomes

Genome Informatics Poster Abstracts   2004

Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design.

Chem Pharm Bull (Tokyo)   52 ( 5 )   643 - 645   2004

FAMSBASE: Modeling Database of 161 Genomes

Iwadate Mitsuo, Kanou Kazuhiko, Takaya Daisuke, Komatsu Katsuichiro, Takeda(Shitaka) Mayuko, Umeyama Hideaki

GI   14 ( 14 )   647 - 648   2003.12

Current Protocols in Bioinformatics

Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Gregory A, Petsko編

FAMS and FAMSBASE for Protein Structure   5 ( 2 )   1 - 16   2003.12

FAMS and FAMSBASE: highthroughput Protein Modeling and database

Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate, Mayuko Takeda-Shitaka

New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach   p.27   2003.10

Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study.

Komatsu K, Kurihara Y, Iwadate M, Takeda-Shitaka M, Umeyama H

Proteins.   52 ( 1 )   8 - 15   2003.7

Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study

K Komatsu, Y Kurihara, M Iwadate, M Takeda-Shitaka, H Umeyama

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS   52 ( 1 )   15 - 18   2003.7

Homology Modeling Server for CAFASP3 Contest, advanced FAMS for Proteins

Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate, Mayuko Takeda-Shitaka

HGM2003 Poster Abstracts Global Genomics   2003.4

Enlarged FAMSBASE: protein 3D structure models of genome sequences for 41 species

A Yamaguchi, M Iwadate, E Suzuki, K Yura, S Kawakita, H Umeyama, M Go

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   31 ( 1 )   463 - 468   2003.1

Enlarged FAMSBASE: protein 3D structure models of genome sequences for 41 species

A Yamaguchi, M Iwadate, E Suzuki, K Yura, S Kawakita, H Umeyama, M Go

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   31 ( 1 )   463 - 468   2003.1

FAMS and FAMSBASE: highthroughput Protein Modeling and database

New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach   27   2003

バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法（10頁）

岩舘満雄, 梅山秀明著, 中村保一, 磯合敦, 石川淳編

ＰＤＢ   2 ( 12 )   89 - 98   2003

バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法

岩舘満雄, 梅山秀明著, 中村保一, 磯合敦, 石川淳編

ＦＡＭＳ   2 ( 13 )   99 - 104   2003

Homology Modeling Server for CAFASP3 Contest, advanced FAMS for Proteins

HGM2003 Poster Abstracts Global Genomics   Poster 10   2003

ゲノム創薬～合理的創薬からテーラーメード医療実現へ

岩舘満雄, 梅山秀明著, 田沼靖一編

タンパク質立体構造のホモロジーモデリング   Ⅰ ( 3 )   39 - 50   2003

Current Protocols in Bioinformatics

FAMS and FAMSBASE for Protein Structure   5 ( 2 )   1 - 16   2003

FAMSBASE: Modeling Database of 161 Genomes

Genome Informatics   2003

FAMS and FAMSBASE: Modeling of All the Genomes and Database

Mitsuo Iwadate, Shigetsugu Kawakita, Hideaki Umeyama

Genome Informatics   ( 13 )   p.565,p.566   2002.12

生物物理

岩舘満雄, 梅山秀明

日本生物物理学会   42 ( 6 )   2002.12

ホモロジーモデリングの手法開発とゲノム機能推定

梅山秀明, 岩舘満雄

ゲノムニュース№4   pp.56-57s   2002.10

Modeling Database of GPCRs using FAMS

Mitsuo Iwadate, Shigetsugu Kawakita, Hideaki Umeyama

HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation   2002.4

The protein modeling of all the genes and the database

Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate

HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation   2002.4

Modeling Database of GPCRs using FAMS

HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation   Poster 26   2002

FAMS and FAMSBASE: Modeling of All the Genomes and Database

Genome Informatics   2002

The protein modeling of all the genes and the database

HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation   Poster 56   2002

TOPICS、CASP4（第４回蛋白質立体構造予測評価広領域会議）に参加して

岩舘満雄

ファルマシア   37 ( 8 )   2001.8

Automatic Protein Modeling Method to GPCRs

Iwadate M

G Protein-Coupled Receptor   2001.6

Pressure-dependent changes in the structure of the melittin alpha-helix determined by NMR.

Iwadate M

J Biomol NMR   19 ( 2 )   115 - 24   2001.2

Interaction of mastoparan with membranes studied by 1H-NMR spectroscopy in detergent micelles and by solid-state 2H-NMR and 15N-NMR spectroscopy in oriented lipid bilayers.

Hori Y他

Eur J Biochem.   268 ( 2 )   302 - 9   2001.1

Pressure-dependent changes in the structure of the melittin alpha-helix determined by NMR.

J Biomol NMR   19 ( 2 )   115-24.   2001

Comparative Modeling of CAFASP2 Competition

Iwadate M, Ebisawa K, Umeyama H

Chem-Bio Informatics Journal   ( 1 )   136 - 148   2001

ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティクス

梅山秀明, 岩舘満雄著

実験医学増刊   19 ( 11 )   180 - 184   2001

Automatic Protein Modeling Method to GPCRs

G Protein-Coupled Receptor   2001

Comparative Modeling of CAFASP2 Competition

Chem-Bio Informatics Journal   ( 1 )   136 - 148   2001

Interaction of mastoparan with membranes studied by 1H-NMR spectroscopy in detergent micelles and by solid-state 2H-NMR and 15N-NMR spectroscopy in oriented lipid bilayers.

Eur J Biochem.   268 ( 2 )   302 - 309   2001

Structure determination of [Arg8]vasopressin methylenedithioether in dimethylsulfoxide using NMR.

Iwadate M

Eur J Biochem.   267 ( 14 )   4504 - 10   2000.7

Structure determination of [Arg8]vasopressin methylenedithioether in dimethylsulfoxide using NMR.

Eur J Biochem.   267 ( 14 )   4504 - 4510   2000

Solid phase synthesis and biological activities of [Arg8]-vasopressin methylenedithioether.

Ueki M他

Bioorg Med Chem Lett.   9 ( 13 )   1767 - 72   1999.7

Solid phase synthesis and biological activities of [Arg(8)]-vasopressin methylenedithioether

M Ueki, T Ikeo, M Iwadate, T Asakura, MP Williamson, J Slaninova

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   9 ( 13 )   1767 - 1772   1999.7

C alpha and C beta carbon-13 chemical shifts in proteins from an empirical database.

Iwadate M, Asakura T, Williamson MP

J Biomol NMR.   13 ( 3 )   199 - 211   1999.3

Structural analysis of silk with 13C NMR chemical shift contour plots.

Asakura T, Iwadate M, Demura M, Williamson MP

Int J Biol Macromol.   24 ( 2-3 )   167 - 71   1999.3

Structural analysis of silk with 13C NMR chemical shift contour plots.

Int J Biol Macromol.   24 ( 2/3 )   167 - 171   1999

C alpha and C beta carbon-13 chemical shifts in proteins from an empirical database.

J Biomol NMR.   13 ( 3 )   199 - 211   1999

The structure of the melittin tetramer at different temperatures--an NOE-based calculation with chemical shift refinement.

Iwadate M, Asakura T, Williamson MP

Eur J Biochem.   257 ( 2 )   479 - 87   1998.10

Structure analysis of the melittin tetramer at different temperatures using Chemical Shifts and NOEs

Mitsuo Iwadate, Tetsuo Asakura, Michael P. Williamson

International Conferences on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)   1998.8

Analysis of silk structure using 13C chemical shifts

Michael P. Williamson, Tetsuo Asakura, Mitsuo Iwadate

International Symposium on SILK and NMR   1998.8

Structure analysis of the melittin tetramer at different temperatures using Chemical Shifts and NOEs

International Conferences on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)   1998

Analysis of silk structure using 13C chemical shifts

International Symposium on SILK and NMR   1998

The structure of the melittin tetramer at different temperatures--an NOE-based calculation with chemical shift refinement.

Eur J Biochem.   257 ( 2 )   479 - 487   1998

Refinement of the Solution Structure of Neurokinin A (4-10) on the Basis of 1H NMR Chemical Shift Calculations

T. Asakura

Peptide Chem.   345 - 348   1996

Refinement of the Solution Structure of Neurokinin A (4-10) on the Basis of 1H NMR Chemical Shift Calculations

Peptide Chem.   345 - 348   1996

277生物種立体構造データベースFAMSBASEと複合体情報を含んだWebインターフェース ASMI Complex

第7回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」  2005 

３次元構造モデル評価を付加したヒトゲノムタンパク質立体構造データベース

第8回システムバイオロジー研究会,日本バイオインフォマティクス学会 システムバイオロジー研究会  2005 

ヒト・ラット・マウスの高精度プロテオーム立体構造全自動モデリング・データベース・創薬

第33回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会構造活性相関部会  2005 

ゲノム中の246生物種の立体構造データベースFAMSBASEとDNAマイクロアレイデータとの融合

第６回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」  2004 

ゲノム規模のタンパク質立体構造モデル構築

フィジカルファーマフォーラム2004 要旨集,日本薬学会物理系薬学部会  2004 

タンパク質立体構造モデリングツールPDFAMS Pro+

第一回東北大学バイオサイエンスシンポジウム,東北大学  2004 

タンパク質立体構造モデリングツール PDFAMS Pro+によるモデルの解析

情報計算化学生物（CBI）学会2004年大会予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会  2004 

リガンドを含むタンパク質複合体の全自動モデリング法（FAMS Ligand & Complex）の開発

第31回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会構造活性相関部会  2003 

Gタンパク結合受容体の立体構造データベースの構築

文部科学省科学研究費特定領域研究（Ｃ）「ゲノム情報科学の新展開」公開シンポジウム 要旨集,ゲノム情報科学領域代表者 高木利久  2002 

全ゲノム遺伝子タンパク質モデリングとデータベース

第4回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」  2002 

国際コンテストCASP4に参加して（２）:CASP4とCAFASP2におけるComparative ModelingとFold Recognition

タンパク質高次構造に基づくゲノム情報科学 第一回公開ワークショップ要旨集,文部科学省科学研究費特定領域研究（Ｃ）「ゲノム情報科学の新展開」項目D03代表者 郷 通子  2001 

先端的蛋白質3次元構造モデリング:FAMS for CASP4 & CAFASP2

2001-1 ＮＭＲ研究会,高分子学会  2001 

CASP4における北里大グループによるモデリング結果

第一回日本蛋白質科学会年会 プログラム要旨集,日本蛋白質科学会  2001 

Gタンパク結合受容体のモデリングデータベース

情報計算化学生物（CBI）学会2001年大会予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会  2001 

Gタンパク質結合受容体（GPCR）のモデリングデータベース

第29回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会医薬化学部会  2001 

ラン藻プロテオームの立体構造データベース:FAMSBASE

第24回日本分子生物学会年会要旨集,日本分子生物学会年会事務局  2001 

国際コンテストCASP4、CAFASP2におけるホモロジーモデリング

第24回日本分子生物学会年会要旨集,日本分子生物学会年会事務局  2001 

1H NMR化学シフトを用いた生理活性ペプチドの立体構造解析

高分子年次会,高分子学会  2000 

自動タンパク質ホモロジーモデリングシステム

情報計算化学生物（CBI）学会ミレニアムシンポジウム予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会  2000 

FAMSBASE:大腸菌および枯草菌の全ORFに対するホモロジー解析と自動モデリング法による蛋白質モデルデータベースの構築

第28回構造活性相関シンポジウム,日本薬学会医薬化学部会  2000 

1H NMR化学シフト計算を導入した高圧下でのポリペプチドの構造決定

高分子年次会,高分子学会  1999 

固体二次元スピン拡散NMRによる13Cラベル絹フィブロインおよびその化合物の構造解析

繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会  1998 

タンパク質のNMR化学シフト-構造相関マップを利用した絹の構造解析

高分子討論会,高分子学会  1998 

NMR化学シフト計算と化学シフトマップに基づくペプチド、タンパク質の構造解析

NMR討論会,NMR討論会  1998 

ハチ毒ペプチド・メリチンの分子間会合構造の破壊に関する原子座標レベル1H NMR化学シフト計算

高分子年次会,高分子学会  1997 

13C NMR化学シフト-立体構造相関の定量化とそれを用いたペプチド、タンパク質の構造決定

高分子年次会,高分子学会  1997 

13C NMR化学シフト-立体構造相関の定量化とそのタンパク質遷移の構造決定への応用

繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会  1997 

1H および13C NMR化学シフト評価によるペプチド・タンパク質の構造解析

高分子討論会,高分子学会  1997 

両親媒性ペプチドの1H NMR構造解析

高分子討論会,高分子学会  1997 

両親媒性ペプチドの重水素化SDS中でのNMR構造決定とイオンチャンネル機構の検討

高分子年次会,高分子学会  1996 

リン脂質膜およびChannelペプチドの配向構造に関する固体・溶液NMR解析

高分子討論会,高分子学会  1996 

NMR法によるオリゴペプチドホルモン、コレシストキニン類似体の溶液構造の決定

繊維連合研究発表会,繊維学会  1996 

ガラスプレートを用いた再構成脂質二重層と導入された配向ペプチドの角度依存固体NMR構造解析

NMR討論会,NMR討論会  1996 

ペプチド・タンパク質の構造解析のためのNMR化学シフト評価法の利用

NMR討論会,NMR討論会  1996 

ミツバチ毒、メリチンの溶液NMR構造解析

繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会  1995 

ミツバチ毒、メリチンの水溶液系でのNMR構造解析

高分子討論会,高分子学会  1995